Od roku 1580 są wzmianki o Rabie Wyżnej, Sieniawie, Bielance i Rokicinach Podhalańskich. Wsie te należały do parafii Rabka.
Od 23 III 1618 roku Raba Wyżna i przyległe wsie stanowią samodzielną parafię przy kościele Świętego Stanisława Biskupa i Męczennika w rabie Wyżnej. Księgi chrztów, ślubów i pogrzebów Rokicin datuje się od 1786 roku. W 1925 r. gdy Zakon sióstr Urszulanek osiedlił się kupując dwór i majątek dworski, życie sakramentalne zaczęło się rozwijać i ogniskować przy kaplicy Sióstr. Przez lata służył ludziom ks. Aleksander Bieliński, kapelan sióstr. Siostry katechizowały w zakrystii przy klasztorze jak również w Rabie Wyżnej i w Sieniawie.
W dniu 25 XII 1989 roku została erygowana parafia Miłosierdzia Bożego w Rokicinach Podhalańskich. Jej proboszczem został mianowany ks. Antoni Syc. Życie parafialne rozwijało się przy kaplicy Sióstr Urszulanek; chrzty, śluby, pogrzeb katechizacje, kancelaria parafialna.
Parafia pod kierunkiem ks. proboszcza przygotowywała się do budów kościoła. Zrobiono i wypalono 80 tysięcy cegieł, gromadzono cement i stal, piasek, deski.
W 4 IV 1990 roku ks. Kardynał Franciszek Macharski poświęcił plac pod kościół i cmentarz na który ziemię ofiarowały siostry Urszulanki.
Dzień 8 IV 1990 roku był dniem rozpoczęcia budowy według projektu pana Marka Jasiewicza z Nowego Sącza. Ksiądz proboszcz Antoni Syc z Radą Parafialną budowali kościół systemem gospodarczym. Przy budowie pomagali wszyscy dziadkowie, mężczyźni, kobiety, młodzież i dzieci. Ks. prałat Stanisław Dziwisz wspierał budowę darami serca. Od momentu erygowania parafii w każdy piątek trwa nowenna do Miłosierdzia Bożego, Msza św., wystawianie Najświętszego Sakramentu, koronka do Miłosierdzia Bożego z prośbami i podziękowaniami.
Pasterka 24 XII 1992 roku była już w nowym kościele, w kaplicy Maryjnej.
Bóg zamieszkał w kościele w Rokicinach.
25 XII 1992 roku ks. Biskup Kazimierz Nycz poświęcił kaplicę. Kościół był już gotowy w stanie surowym.
28 IV 1993 roku rozpoczęto budowę plebanii.
13 V 1993 roku rozpoczęły się nabożeństwa Fatimskie trwające każdego 13 miesiąca od maja do października. Parafianie gromadzą się na uroczystej mszy, procesji i różańcu pokutnym.
13 XI 1993 roku parafia otrzymała wielki dar od Ojca Świętego Jana Pawła II, posadzkę ze szlifowanego granitu, ołtarz marmurowy, dwie ambonki i chrzcielnicę.
5 III 1995 roku wmontowano tryptyk w ołtarzu głównym, Pana Jezusa Miłosiernego malował pan Bolesław Szpecht (projektant wnętrza). 29 III 1995 roku w ołtarzu głównym zamontowano glorię i tabernakulum.
4 VIII 1996 roku konsekracji kościoła dokonał ks. Kardynał Franciszek Macharski, w asyście 100 kapłanów i czcigodnego dobrodzieja ks. prałata Stanisława Dziwisza. Bóg objął na swoją własność kościół w Rokicinach Podhalańskich.
5 VI 1997 roku o godzinie 11.15 Ojciec Święty Jan Paweł II okrążył w helikopterze trzykrotnie kościół, błogosławiąc parafii.
19 III 1997 roku odbyła się konsekracja biskupia ks. Stanisława Dziwisza. Pielgrzymi z Rokicin wzięli w niej udział. Upamiętnieniem tego wydarzenia w Rzymie jest witraż „Cud w Kanie Galilejskiej" ufundowany przez parafian.
22 VIII 1998 r. odwiedził kościół i modlił się z ludźmi Jego Eminencja ks. Prymas Józef Glemp, zatrzymał się też na plebani!.
13 VI 1999 roku beatyfikowana została razem ze 108 męczennikami II wojny światowej S. M. Klemensa Staszewska, przełożona sióstr Urszulanek w Rokicinach. W tej uroczystości w Warszawie wzięła udział pielgrzymka z naszej parafii.
4 III 2000 roku zamontowano płaskorzeźbę bł. S. M. Klemensy Staszewskiej. Rzeźbę wykonał Jan Siek z Siedlca koło Rudawy.
12 VI 2000 Jego Eminencja ks. Kardynał Franciszek Macharski odprawił uroczystą dziękczynna Eucharystię za beatyfikację S. Klemensy.
2 V 2002 roku wykonano ostatni z trzech ufundowanych przez państwo Jerzego i Wandę Tutaj witraż w kościele. Wszystkie witraże wykonał pan Z. Gustab.
16 X 2003 z racji 25 lecia pontyfikatu Jana Pawła II przy kościele stanął pomnik Ojca Świętego i ks. Biskupa Stanisława Dziwisza. Stoją oni pod krzyżem Chrystusa. Wykonawcą był pan Jan Siek.
W roku 2007 boazerie w kościele wykonał miejscowy stolarz Andrzej Leśnicki. W latach 2014-15 Polichromię w kościele wykonała art. mal. Małgorzata Toborowicz.